Rezultate
  Romana | Engleza

CanScreen

125 / CEEX 2006 - Programul VIASAN

Sistem cu eficacitate sigura de control al calitatii diagnosticului in programul de screening al cancerului

Proiect finantat de Ministerul Educatiei si Cercetarii prin Programele de Excelenta CEEX 2006

Rezultate obtinute pentru Etapa 1

Rezultate obtinute pentru Etapa 2

Rezultate obtinute pentru Etapa 3

Rezultate obtinute pentru Etapa 4

Rezultate obtinute pentru Etapa 5


Etapa 1 - 30 noiembrie 2006

Studiu asupra situatiei actuale in patologia oncologica si a monitorizarii acesteia in Romania
Activitatile realizate in cadrul etapei intai:
1. Managementul etapei
2. Analiza stadiului actual al profilaxiei si controlului cancerului
3. Analiza aplicabilitatii sistemului cu eficacitate sigura in vederea asigurarii calitatii unui program de screening
4. Definirea grupurilor tinta de pacienti, a localizarilor pilot si a cerintelor sistemului informatic

Studiul a fost realizat in scopul analizarii modului de abordare pe plan mondial si national in domeniul informatizarii procesului de screening oncologic. Solutia sistemului necesar pentru informatizarea procesului presupune generarea si exploatarea unei baze de date multimedia accesibila pentru utilizatori multipli (pe suport Internet) cu cerinte de respectare a confidentialitatii datelor. Activitatile ce au fost derulate în cadrul etapei pentru îndeplinirea obiectivelor propuse sunt urmatoarele:
- pentru indeplinirea obiectivului privind Analiza stadiului actual al profilaxiei si controlului cancerului, studiul a relevat ca in tarile industrializate exista resursele necesare pentru adoptarea programelor de screening. Derularea acestora a contribuit la reducerea mortalitatii prin cancerele pentru care s-au introdus programe organizate de depistare precoce. In Romania, desi boala neoplazica se situeaza pe locul al doilea ca si cauza de mortalitate, dupa bolile cardio-vasculare, programul national de control al cancerului include masuri de depistare precoce a cancerului de col uterin si de sân în masura insuficienta pentru a influenta mortalitatea prin aceste cancere. De fapt la scara nationala, numarul propus al testelor fiind foarte redus, programul instituit nu depaseste atributele unui screening oportunist. S-a realizat o prezentare a datelor medicale care caracterizeaza cancerul de col uterin si sân, date medicale ce vor trebui sa fie înregistrate pentru monitorizarea loturilor de paciente. Programul de screening al cancerului de col uterin desfasurat în judetul Cluj întruneste toate caracteristicile unui program organizat de screening. Dupa 4 ani de derulare s-a reusit o acoperire a populatiei tinta feminine eligibile a judetului Cluj de aproximativ 18%, dependent de resursele alocate de catre Ministerul Sanatatii. Experienta acumulata in acest program a relevat importanta asigurarii calitatii tuturor etapelor programului, conditie esentiala pentru ca programul de screening sa aiba impactul scontat în viitor asupra mortalitatii prin cancer de col uterin in populatia feminina a judetului Cluj. Baza de date suport a acestui program de screening este realizata sub mediu dezvoltare FileMaker versiunea 5.0 si realizeaza stocarea datelor de pacient, privind personalul medical de alertare, privind personalul medical care efectueaza recoltarea si investigarea citologica, rezultatele investigarii citologice si indicatiile terapeutice. Prin acestea întelegem fie termenul dupa care trebuie reluata investigatia, fie tratamentele chirurgicale sau testarea HPV. Au fost stabilite o serie de cerinte privind monitorizarea eficienta într-un program de screening care presupun alertarea operativa a personalului medical din diversele compartimente functionale. Baza de date existenta nu include imagini ale frotiurilor citologice respectiv imagini ale mamografiilor, colectate in procesul de screening;
- pentru indeplinirea obiectivului privind Analiza aplicabilitatii sistemului cu eficacitate sigura in vederea asigurarii calitatii unui program de screening, s-au analizat capabilitatile bazelor de date relationale multimedia, insistandu-se pe mecanismele de asigurare a consistentei si confidentialitatii datelor medicale. Pentru ca imaginile in care sunt stocate frotiurile citologice, respectiv mamografiile au dimensiuni mari (raportat la dimensiunile celorlalte campuri cu date medicale) si o baza de date utilizata în program de screening presupune un numar foarte mare de înregistrari (de ordinul sutelor de mii) formula ce va fi adoptata se bazeaza pe un server de fisiere de imagini si nu pe introducerea directa a acestora în baza de date. Studiul evidentiaza realizarile de pe plan mondial în domeniul analizei computerizate a imaginilor citologice si mamografice deoarece se doreste ca programul de aplicatie sa asiste medicul citolog prin efectuarea trierii imaginilor si eliminarii celor necorespunzatoare din punct de vedere imagistic;
- pentru indeplinirea obiectivului privind Definirea grupurilor tinta de pacienti, a localizarilor pilot si a cerintelor sistemului informatic, colectivele medicale implicate in realizarea proiectului au prezentat structurile de date medicale conventionale precum si formularele in care acestea sunt inregistrate pentru cancerul de col uterin, ovar si san. S-a constatat o destul de larga dispersie a datelor medicale, de aceea consideram oportuna realizarea cate unei baze de date proprii pentru fiecare din programele de screening anterior mentionate. Probabil programele de aplicatie care vor gestiona bazele de date si procesul de monitorizare vor face uz de unele resurse comune. Intru-cat datele medicale aferente procesului de screening se completeaza in locatii medicale aflate la distanta formula ce trebuie adoptata este cea a suportului Web. Programul de aplicatie va avea si functii de "achizitie" a imaginilor citologice si mamografice. În acest sens s-a analizat aparatura medicala de investigare existenta si s-a constatat ca microscopul electronic este interfatabil direct din reteaua de calculatoare, in timp ce mamograful ar presupune digitizarea mamografiilor de tip film cu echipamente auxiliare (de tip scanner) fara garantia ca imaginile obtinute vor satisface conditiile necesare unor prelucrari imagistice computerizate. Probabil o formula mai adecvata ar reprezenta-o achizitionarea unor mamografe digitale. In ceea ce priveste modelarea matematica a proceselor de screening, prin prezentul studiu, s-a incercat surprinderea catorva aspecte esentiale ale problematicii realizarii unui model economic si cu eficacitate sigura de control al cancerului. Modelul prezentat este doar o foarte simplificata modelare a derularii unui program de screening, utilizand procese Markov omogene, datorita lipsei, in momentul de fata, a datelor reale. Datele utilizate in tabelele ce definesc procesul Markov au fost obtinute prin coroborarea unor date existente in articolele de specialitate consultate. Problemele sunt, in realitate, foarte complexe. Modelele matematice ce urmeaza a fi elaborate, pe parcursul desfasurarii proiectului, vor fi din ce în ce mai complicate, pe masura obtinerii datelor necesare. In final, ele trebui sa reflecte cu destula rigurozitate situatia reala. Se vor folosi atat elemente de predictie bayesiana cat si, daca va fi nevoie in problemele de clasificare ce se vor ivi, algoritmi bazati pe sisteme inteligente.

sus 13.02.2007

Etapa 2 - 30 aprilie 2007

Definirea metodologiei suport
Activitatile realizate in cadrul etapei a doua:
1. Managementul etapei
2. Analiza de sistem si analiza functionala
3. Specificatii tehnice pentru baza de date
4. Specificatii tehnice pentru preluarea si analiza imaginilor
5. Elaborarea de protocoale medicale specifice screeningului de col, san si ovar

Raport de cercetare al etapei a doua a fost intocmit in scopul definirii metodologiei medicale care va constitui suportul produsului informatic ce implementeaza functiile sistemului de control al diagnosticului din programul de screening al cancerului. Activitatile ce au fost derulate in cadrul acestei etape pentru indeplinirea obiectivelor propuse sunt urmatoarele:
- pentru indeplinirea obiectivului privind Analiza de sistem si analiza functionala, in procesul de analiza de sistem a rezultat necesitatea generarii unui sistem informatic centralizat, accesibil de la toate nivelele programului de screening. Acest sistem reprezinta un instrument esential pentru monitorizarea si evaluarea indicatorilor de performanta, respectiv generarea diverselor categorii de liste (grad I, II, III) in care sunt impartite persoanele monitorizate care trebuie sa fie urmarite cu sau fara tratament. Analiza solutiilor tehnice si a posibilelor arhitecturi care satisfac cerintele unui astfel de sistem indica necesitatea unei arhitecturi web de tip n-tier cu urmatoarele nivele de dezvoltare: nivelul de prezentare, nivelul logic de management, nivelul logic de acces al datelor si nivelul bazei de date. Nivelul de prezentare va fi implementat pentru cabinetele medicilor de familie, centrele de recoltare, pentru investigatii de col, centre imagistice, si laboratoarele citologice, anatomopatologice, pentru testare HPV, si altele. Nivelul logic de management este implementat pe serverul de web, in timp ce nivelul logic de acces la date si nivelul bazei de date sunt implementate pe serverul de aplicatie si baze de date si serverul de fisiere.
In urma analizei functionale a putut fi realizata definirea modulelor principale ce vor compune aplicatia software care constau in modul de proiectare al interfetelor, modulul de reprezentare si cuantificare a datelor medicale necesare sistemului, modulul de achizitie a imaginilor (frotiuri si mamografii) medicale, modulul de generare si exploatare a bazei de date "CanScreen", modulul de filtrare a imaginilor, modulul de calitate al sistemului, modulul de analiza economica;
- pentru indeplinirea obiectivului privind Specificatii tehnice pentru baza de date, s-a pornit prin stabilirea setului de date medicale necesare unui sistem informatic ce gestioneaza un program de screening. Partenerii din domeniul medical - UMF Cj, IOCN, IOB - au stabilit datele medicale necesare sistemului, având în vedere protocoalele de screening. Aceste date sunt prezentate sub forma codificata, in conformitate cu ghidurile pentru programele de screening, existente la nivel european. La baza inregistrarii unei paciente in programul de screening al cancerului de col uterin si mamar stau datele personale care caracterizeaza pacienta, datele specifice unei runde a screeningului, unui episod al rundei, precum si datele de evaluare si tratament necesare urmaririi pacientei pe intreaga perioada de screening. Sistemul informatic ce se va realiza prin proiect va importa si va codifica înregistrarile existente in baza de date a partenerului IOCN - Institutul Oncologic Cluj-Napoca. Proiectarea bazei de date "CanScreen" necesara sistemului a constat in stabilirea structurii acesteia. Baza de date fiind una relationala a fost necesara proiectarea ei inaintea elaborarii aplicatiei, dupa o metodologie de proiectare a bazelor de date de acest tip care consta in:
- realizarea modelului logic
- realizarea modelului fizic.
Inafara identificarii datelor medicale necesare sistemului, s-au evidentiat si relatiile dintre acestea, precum si restrictiile impuse asupra acestora. Proiectarea s-a facut in doua faze:
- faza de realizare a modelului conceptual, descrisa prin modelului entitate-relatie obtinut
- faza de realizare a modelului logic, descrisa prin schemele relationale.
Modelul logic obtinut va putea fi importat cu usurinta in sistemul de gestiune a bazelor de date (Microsoft SQL Server 2005), care reprezinta suportul necesar pentru implementarea bazei de date "CanScreen";
- pentru indeplinirea obiectivului privind Specificatii tehnice pentru preluarea si analiza imaginilor s-a pornit de la descrierea aparaturii medicale de generare a imaginilor cuplata cu elementele necesare transformarii imaginilor in imagini digitale ce pot fi inmagazinate pe calculator. Pentru accesul cat mai usor la imaginile rezultate s-a generat o structura de directoare in care ele sa fie rezidente. Preluarea imaginilor se realizeaza pe statii de lucru din reteaua LAN a clinicii oncologice, iar stocarea acestora se face pe serverul de fisiere. In cadrul prezentei etape, s-au fixat algoritmii ce urmeaza a fi implementati, atat in ceea ce priveste imaginile citologice cat si cu privire la imaginile mamografice. Algoritmii vizeaza segmentarea imaginilor, urmarindu-se:
- in cazul imaginilor citologice - segmentarea celulelor si a nucleilor prezenti in cadrul unei imagini,
- in cazul imaginilor mamografice - au fost propusi pentru implementare algoritmi de segmentare a microcalcifierilor în imagini mamografice.
Acuratetea pasului de segmentare este esentiala pentru conduita ulterioara a procesarii imaginii, deoarece erorile care pot sa apara in cadrul etapei de segmentare se propaga ulterior in stadiile de clasificare. In cazul algoritmilor dedicati prelucrarii imaginilor citologice, au fost propuse 2 metode de segmentare a imaginilor, fiecare dintre acestea adoptand o serie de algoritmi clasici de prelucrare a imaginilor digitale, combinati si adaptati la particularitatile specifice ale imaginilor citologice. Primul algoritm propus utilizeaza tehnici de segmentare cu prag - metoda de segmentare Otsu - incorporand un stadiu de preprocesare a imaginii (egalizarea adaptiva de histograma cu limitare de constrast), cat si un stadiu de post-procesare a imaginii (operatii morfologice) dedicat imbunatatirii acuratetii segmentarii. Cel de-al doilea algoritm propus pentru segmentare se bazeaza pe algoritmi de grupare - algoritmul "Moving k-means" - rezultatul obtinut in urma pasului de segmentare fiind imbunatatit prin intermediul algoritmului "Modified Seed Based Region Growing". Algoritmii dedicati prelucrarii imaginilor mamografice sunt specializati in detectia microcalcifierilor, ce pot apare in imaginile digitale mamografice, si pe imbunatatirea calitatii imaginii de studiu. Prima categorie de algoritmi propusi are ca finalitate formarea unei harti a sanului, care sa asigure o baza adecvata pentru diferentierea si analiza tesutului mamar in mamografia digitala. Cea de-a doua categorie de algoritmi au ca scop segmentarea microcalcifierilor din imagini, folosind tehnici bazate pe entropia imaginii;
- pentru indeplinirea obiectivului privind Elaborarea de protocoale medicale specifice screeningului de col, san si ovar s-au definit strategiile de screening care vor fi urmate pe durata desfasurarii proiectului.
- Protocolul de screening pentru cancerul de col uterin - Strategia de screening adoptata in conformitate cu standardele europene vizeaza testarea gratuita a femeilor, cu varsta cuprinsa intre 25-65 de ani, la interval de trei ani, in caz de frotiu normal si managementul leziunilor displazice conform ghidurilor europene.
- Protocolul de screening pentru cancerul mamar - Mamografia reprezinta metoda utilizata in screeningul cancerului de san. Femeilor fara simptome ale cancerului de san trebuie sa li se propuna o examinare mamografica numai in cadrul screeningului organizat cu asigurarea calitatii la toate nivelele. La screeningul mamografic trebuie invitate numai femeile in varsta de 50-69 ani. Intervalul de screening trebuie sa fie de 2-3 ani. Programele de screening ale cancerului de san trebuie organizate conform protocoalelor Europene. Evaluarea rezultatelor si interpretarea rezultatelor intregului program de screening este influentat in mod sensibil de aspectele organizationale. Sistemul informatic are un rol cheie in monitorizarea si evaluarea programului organizat de screening.
- Protocolul de screening pentru cancerul ovarian si mamar la persoanele cu risc crescut - O reducere a mortalitatii prin cancer mamar sau ovarian se poate obtine prin identificarea persoanelor cu risc crescut. Cancerul mamar si ovarian pot apare in urma acumularii unor mutatii genetice in multiple combinatii. Modificarile genetice moleculare pot fi categorisite ca avand loc in diverse categorii de gene:
<> cea mai investigata clasa este cea a genelor supresoare tumorale. Reprezentativ pentru tumorile ovariene din acesta categorie sunt genele BRCA1 si BRCA2;
<> oncogenele au fost cele care de la bun inceput au fost legate fara echivoc de carcinogeneza.
Pana azi s-au evidentiat peste 50 de oncogenene cancerele umane si ele poseda functii foarte diferite. De obicei oncogenele sunt alterate in cancerul ovarian. Cel mai intens studiate sunt cele apartinand claselor ERBB 2 (supraexprimat mai frecvent in cancerele ovariene seroase), MYCC si RAS (mai des codificate in carcinoamele ovariene mucinoase). Selectarea persoanelor cu risc ereditar crescut pentru cancerul ovarian, poate usura aplicarea unor strategii de supraveghere si preventie speciale.
Studiile legate de managementului cancerului sunt legate atat de procesul propriu zis de tratare a acestuia cat si de depistare a acestuia in stadii incipiente, in vederea stoparii acestui proces. Un rol important, in acest caz, il joaca screeningul. In cazul screeningului de col uterin, primordiala este elaborarea unui algoritm complet si corect de parcurgere a tuturor pasilor care trebuie efectuati in asa fel incat sa se obtina o eficacitate sigura a depistarii acestei maladii in stadii cat mai incipiente. Identificare factorilor de natura economica este complexa si complicata. In cazul concret al cancerului de col uterin am identificat o parte a costurilor legate atat de screening cat si de tratamentul medical aplicat. S-a inceput elaborarea unor scenarii proprii de desfasurare a procesului de screening, cu pastrarea eficacitatii acestuia, care sa permita micsorarea costurilor acestuia. Din punct de vedere matematic, s-a creat o baza de studiu proprie. S-au elaborat algoritmi propri care sa permita determinarea punctelor eficiente si slab eficiente in cazul functiilor unimodale pe o multime. De asemenea au fost studiate posibilitati de interpretare a temperaturii corpului uman, sanatos si bolnav, utilizand teoria fractalilor.

sus 15.05.2007

Etapa 3 - 30 octombrie 2007

Proiectarea sistemului informatic si diseminare pe parcurs
Activitatile realizate in cadrul etapei a treia:
1. Managementul etapei
2. Importarea datelor existente
3. Achizitia datelor medicale si stabilirea regulilor de interpretare a acestora
4. Proiectarea subcomponentelor software ale sistemului informatic
5. Diseminare pe parcurs a rezultatelor primare
6. Realizare subcomponente software ale sistemului informatic
7. Achizitionare componente in vederea realizarii sistemului

Activitatile ce au fost derulate in cadrul acestei etape pentru indeplinirea obiectivelor propuse sunt prezentate mai jos:
- pentru indeplinirea obiectivului privind Importarea datelor existente, in baza de date "Canscreen" s-a pornit de la descrierea aplicatiei existente la IOCN (realizata in File Maker), de la baza de date SIRUTA a Institutului National de Statistica (realizata în Visual Fox) si s-a proiectat o aplicatie modulara care a realizat preluarea datelor din tabele Excel (.xls) si introducerea lor in structurile SQL ale bazei de date "Canscreen". Importarea datelor din Excel în SQL Server s-a facut prin metode care folosesc link-uri de tip server si interogari distribuite in limbaj SQL. Pentru facilitarea importului datelor externe s-au facut modificari la nivelul unora din tabelele bazei de date.
- Achizitia datelor medicale si stabilirea regulilor de interpretare a acestora. Evaluarea adecvata a datelor inregistrate atat in screeningul cancerului de col uterin, cat si in cel mamar sau alte forme de cancer este esentiala in luarea deciziilor de ingrijire medicala atat la nivel individual precum si al politicilor de sanatate. Interpretarea adecvata a parametrilor medicali implica, cunoasterea pe de o parte a semnificatiei indicatorilor statistici asociati, precum si aspectele si contextul clinic vis a vis de patologie. Parametrii medicali sunt reprezentati de date de tip calitativ, cantitativ sau de supravietuire. Ceea ce conteaza este tipul parametrilor si scala in care acestia au fost masurati, deoarece aceste caracteristici sunt cele care determina ulterior tipurile de tabele, grafice sau tabele de rezumare, care prezinta cel mai corect datele si reusesc sa transmita observatiile celor interesati. Alegerea metodei de analiza a unei probleme depinde de modul in care se realizeaza compararea ce urmeaza a fi facuta si de datele ce vor fi utilizate. Datele influenteaza alegerea prin tip, marimea esantioanelor comparate, in functie de situatie de normalitatea datelor, egalitatea variantelor, frecventele cele mai probabile. Alegerea perfecta a metodei statistice adaptate situatiei se poate face doar in urma strangerii datelor. Un sistem informational populational trebuie instituit pentru monitorizarea continua a indicatorilor programului de screening. Un cadru legal potrivit este necesar pentru inregistrarea datelor individuale si legatura intre bazele de date populationale, baza de date a screening-ului si registrele de cancer si de mortalitate. Sistemul informational este un instrument esential pentru managementul programului de screening; calcularea indicatorilor de participare, de complianta, de calitate si impact; furnizarea unui feedback pentru a implica personalul medical, factorii de decizie si autoritatile in domeniul sanatatii publice. S-a ales un design experimental care este potrivit pentru evaluarea noilor strategii de screening ale programelor organizate. Se opereaza cu norme epidemiologice, scopul acestora fiind de a caracteriza structura organizationala de baza a programelor de screening si de a recomanda o metodologie comuna pentru organizarea, evaluarea si raportarea lor. Aceste norme sunt relevante in special pentru planificarea noilor programe de screening in Europa. Rezultatul programului de screening depinde in mare masura de calitatea prestatiei patologului. Prin examinarea materialelor recoltate de la femeile supuse screeningului, patologii ofera informatii particulare asupra starii de sanatate a femeilor examinate. Decizia terapeutica depinde de calitatea examenului patologic, de acuratetea lui si de indicatorii de prognostic / predictie pe care ii cuprinde. Pentru atingerea obiectivelor screeningului este esentiala existenta unui set standard de informatii pentru fiecare pacient, si utilizarea unei metodologii si terminologii identice pentru formularea diagnosticului.
- in cadrul activitatii de Proiectarea subcomponentelor software ale sistemului informatic au fost proiectate paginile web ale aplicatiei rezidente in fisiere de tip .aspx, care realizeaza principalele functii ale sistemului si sunt de urmatoarele categorii: pagina principala a aplicatiei, modul de gestiune a lotului populational, modul de gestiune a dictionarelor de medici si centre medicale, modul de gestiune a programelor de screening, modul de gestiune a rezultatelor rundelor / episoadelor din procesul de screening, modul de salvare a fisierelor de tip imagine si modul de postprocesare si interpretare statistica. In proiectarea modelelor matematice necesare simularilor a fost urmarit algoritmul de derulare al programului de screening. S-a constatat ca din punctul de vedere economico sanitar este nevoie de analizarea modului in care se realizeaza efectiv testarile. Astfel s-au elaborat modele matematice pentru optimizarea rutelor ce trebuie parcurse pentru recoltare in vederea testarii. De asemenea s-a studiat o optimizare a repartizarii femeilor pe cabinete de recoltare si apoi repartizarea probelor recoltate catre centrele de interpretare tinand cont de durata de valabilitate a probei. S-a urmarit si optimizarea costului transportului probelor functie de locul de rezidenta al pacientei.
- Diseminare pe parcurs a rezultatelor primare. Diseminarea realizata in cadrul proiectului a constat in elaborarea unor lucrari stiintifice si prezentarea acestora la manifestari si comunicari internationale. Aceste lucrari se bazeaza pe rezultatele teoretice la care s-a ajuns precum si pe concluziile ce s-au desprins din preluarea datelor existente. Rezultatele comunicarilor au fost bine receptionate de participantii la acele manifestarii, considerandu-se ca abordarile aduc un grad de noutate prin solutiile propuse. Detaliile privind lucrarile elaborate fac obiectul rapoartelor de diseminare al partenerilor implicati in proiect.
- privind Realizare subcomponente software ale sistemului informatic in prezentul memoriu tehnic s-au detaliat algoritmii utilizati in segmentarea formatiunilor celulare prezente in cadrul imaginilor citologice, precum si detectia frontierelor de interes din cadrul imaginii. Acesti algoritmi sunt "Modified Seed Based Region Growing", Moving k means si ultimul dintre algoritmii implementati, reprezinta o combinatie dintre algoritmul de clustering Moving k means si un algoritm de segmentare bazat pe calculul unui prag global de segmentare. In ceea ce priveste imaginile mamografice, prelucrarea acestora s-a facut prin algoritmi de segmentare multi-scala si imbunatatire a imaginilor mamografcie, precum si prin algoritmi de detectie a microcalcifierilor pe baza minimizarii entropiei incrucisate, pe baza matricii de co-aparitie bidimensionala si pe baza maximizarii entropiei conditionale. Prin preluarea datelor provenite din surse externe s-a operat cu fisiere .xls a caror structura va fi utilizata si pentru incarcarile si actualizarile lotului populational, respectiv dictionarelor de medici prin liste. In acest sens au fost efectuate unele modificari la nivelul structurii bazei de date relationale "Canscreen" si au fost implementate si verificate mecanismele de gestiune a acestora.
- Achizitionare componente in vederea realizarii sistemului a fost un obiectiv care a revenit tuturor partenerilor, acestia dotandu-se cu echipamente care ofera suport pentru rularea si testarea aplicatiei "Canscreen".
Interfetele sistemul informatic care au fost proiectate in aceasta etapa sunt prezentate in fisierul pdf:

sus 13.11.2007

Etapa 4 - 30 aprilie 2008

Realizarea si implementarea sistemului
Activitatile realizate in cadrul etapei a patra:
1. Managementul etapei
2. Realizarea subcomponentelor matematice necesare simularii
3. Implementarea aplicatiei prin integrarea modulelor componente si testarea in mod simulat a functionalitatii sistemului
4. Verificarea modelelor matematice necesare simularilor

Activitatile ce au fost derulate în cadrul etapei pentru indeplinirea obiectivelor propuse sunt urmatoarele:
- pentru activitatea Realizarea modelelor matematice necesare simularilor s-au realizat modelele necesare simularilor, iar pentru activitatea Verificarea modelelor necesare simularilor s-a facut verificarea lor utilizandu-se date existente in literatura medicala de specialitate sau date simulate. Tinand cont de situatiile reale posibile care apar in evolutia cancerului de col uterin, s-au considerat doua situatii distincte: studiul limitat numai la evolutia leziunilor precanceroase si studiul evolutiei si costului tratamentului implicat de leziunile precanceroase si canceroase. Au fost elaborate doua tipuri de modele Markov: unul simplificat, in care se lucreaza doar cu 5 stari (starea normala, doua tipuri de stari precanceroase, un singur tip de starea canceroasa si o stare de abandon) si altul, mai complex, in care se considera mai multe stari si existenta grupelor de varsta. Primul a fost necesar pentru a avea o prima aproximare a starii de fapt. El a fost dictat si de faptul ca, in derularea procesului de screening, sunt monitorizate doar starile precanceroase. Orice aparitie a unei leziuni de tip carcinom impune scoaterea femeii din procesul de screening, includerea ei in registrul de cancere si urmarirea ei in cadrul unui alt program. In acesta faza a derularii contractului au fost construite doua tipuri distincte de componente ale aplicatiei Canscreen_eval. In primul tip sunt incluse componentele care se refera efectiv la evaluarea din punct de vedere medico economic a procesului de screening pentru cancerul de col uterin. In al doilea tip este inclusa aplicatia care se refera la determinarea unor moduri optime de derulare a proceselor de achizitie de imagini radiografice (mamografii) in cadrul derularii screeningului pentru cancerul mamar in mediul rural. Aceste componente au fost testate pe seturi de date simulate, concluziile rezultate urmand a fi utilizate in faza finala a contractului pentru obtinerea unei aproximari cat mai aproape de realitate. In cadrul activitatii de verificare a modelelor, acestea au fost testate pe diverse seturi de date simulate. Rezultatele obtinute vor fi comparate cu datele reale ce vor fi furmizate in vederea obtinerii unui program de evaluarea cat mai optim;
- pentru activitatea Implementarea aplicatiei prin integrarea modulelor componente si testarea in mod simulat a functionalitatii sistemului a fost conceputa aplicatia software pentru screeningul de col uterin si san bazata pe tehnologia WEB si dezvoltata sub mediile de programare ASP, VB. NET utilizand ca sistem de gestiune al bazelor de date Microsoft SQL Server 2005. In generarea aplicatiei Canscreen_web s-a pornit de la interfetele utilizator si baza de date proiectate in etapele anterioare ale proiectului si s-au implementat modulele aplicatiei care preiau datele din interfete, realizeaza conversiile in scopul salvarii acestor date in baza de date sau vizualizarii lor in alte interfete sintetice, respectiv extrag date din baza de date in scopul vizualizarilor istorice sau alimentarii operative a elementelor de ecran. Implementarea modulelor aplicatiei este facuta în VB.NET, deci fisierele rezultate sunt de tip *.aspx.vb, grupate in proiectul aplicatie_asp _Canscreen. Modulele care compun aplicatia Canscreen_web sunt modulul de gestiune al logarii, legat de pagina principala a aplicatiei, modulul de gestiune a lotului populational, modulul de gestiune a dictionarelor de medici si centre medicale, modulul de gestiune a programelor de screening, modulul de gestiune a rezultatelor procesului de screening si modulul de postprocesare si interpretare statistica. Principalele clase si proceduri care compun aceste module sunt descrise in raportul tehnico-stiintific detaliat cu realizarile etapei. Modulele de prelucrare a fisierelor de tip imagine (citologice, respectiv mamografice) se constitue in aplicatia Canscreen_img, ele fiind implementate sub mediul de dezvoltare Borland C++ Builder. Verificarea functionala (asigurarea securitatii aplicatiei prin acces restrictionat al utilizatorilor functie de rolul propriu definit, al fiecaruia, gestiunea prin liste si individuala a lotului populational, gestiunea dictionarelor de centre medicale specializate respectiv personal medical implicat in screening, preluarea datelor de screening sub forma unui formular electonic, vizualizarea istoricului individual al subiectilor programului de screening, prelucrarea imaginilor citologice si mamografice in scopul îmbunatatirii calitatii, respectiv cresterii utilizabilitatii acestora) a aplicatiilor s-a facut pe o baza de date incarcata cu date simulate. Lotul populational a cuprins un numar relativ restrans de subiecti el bazandu-se pe date ce au fost special editate. Deoarece la nivelul acestui lot au fost respectate toate regulile formale necesare importarii datelor s-a putut verifica atat importarea datelor, cat si mecanismele functionale ale aplicatiilor in ansamblul lor. Documentatia tehnica a etapei constand in raportul tehnico-stiintific detaliat este completata de caietul de sarcini actualizat, fisele de incercari in care sunt prezentate rezultatele testarii celor doua aplicatii, respectiv listingurile sursa ale unora dintre modulele reprezentative pentru aplicatie.

sus 20.05.2008

Etapa 5 - 30 septembrie 2008

Evaluarea rezultatelor preliminare si diseminarea rezultatelor
Activitatile realizate in cadrul etapei a cincea:
1. Managementul etapei
2. Verificarea functionalitatii componentelor
3. Realizarea documentatiilor aferente sistemului si a metodologiei
4. Simularea unor strategii diferite de screening
5. Analiza datelor furnizate de sistemul complet
6. Diseminarea rezultatelor proiectului

Activitatile ce au fost derulate în cadrul etapei pentru indeplinirea obiectivelor propuse sunt urmatoarele:
- pentru activitatea Verificarea functionalitatii componentelor s-a realizat testarea aplicatiilor (Canscreen_web, Canscreen_img) implementate de monitorizare si management a programului de screening pentru cancerul de col uterin si cel de san atat pe date de test cat si pe date reale. S-au importat de date medicale privind screening mamografic, impreuna cu alte informatii si investigatii necesare diagnosticarii cancerului mamar. Aceste date au fost validate pentru a asigura corectitudinea analizei statistice ulterioare. Datele au fost culese retrospectiv de la paciente ale Institutului Oncologic Cluj-Napoca. Acestea au fost anonimizate. Importarea datelor s-a realizat cu ajutorul programului QT (Audit System on Quality of Breast Cancer Treatment), conceput pentru facilitarea monitorizarii diagnosticului, tratamentului si urmaririi cancerului de san. Acest sistem de audit a fost dezvoltat de o echipa multidisciplinara a European Breast Cancer Network. Indicatorii de interes utilizati ii include pe cei definiti de European Society Of MAstology (EUSOMA) si pe cei din a treia editie a European Guidelines for Quality Assurance in Mammography Screening.
- pentru activitatea Realizarea documentatiilor aferente sistemului si a metodologiei s-a realizat o metodologie de lucru pentru utilizarea sistemului Canscreen in cadrul unui program organizat de screening pentru cancerul de col si san, metodologie care cuprinde asigurarea calitatii unui program de screening al cancerul. Controlul calitatii face referire la calitatea de structura, procesul calitatii si rezultatele ale calitatii / performantelor generale. Organizarea speciala in laborator are ca scop extragerea de informatii pentru a permite analizarea si evaluarea calitatii existente cu potential pentru detectarea deficitului ca baza pentru procesele imbunatatite. Mentinerea standardelor profesionale si practica buna de laborator sunt garantia bunelor performante ce pot fi realizate. Pentru a atinge cele mai inalte standarde in serviciile de screening al cancerului de col uterin, asigurarea calitatii conforme cu normele europene trebuie sa fie implementata in toate laboratoarele de citologie implicate in screening. Un numar de mecanisme pentru asigurarea calitatii poate fi doar realizat suportul organizational regional si national pentru screeningul in laboratoare este valabil. In ceea ce priveste documentatia tehnica a sistemului informatic Canscreen, aceasta a fost completata cu manualul de utilizare si instalare al produselor program realizate: Canscreen_web si Canscreen_img.
- pentru activitatea Simularea unor strategii diferite de screening s-au specificat parametrii necesari prognozei si s-a construit un model general de evolutie a leziunilor colului uterin. Modelul se bazeaza pe procese Markov si a fost prevazuta cu un parametru, varsta femeii. Modelul elaborat permite prognozarea evolutiei starii de sanatate a femeilor, din punct de vedere al colului uterin, la nivel de masa. Totodata s-a continuat studiul optimizarii planificarii si realizarii mamografiilor si a testelor pentru cancerul de ovar. A fost, de asemenea, construit un model care modeleaza procesul de dezvoltare a celulelor canceroase in prezenta unor factori aleatori.
- pentru activitatea Analiza datelor furnizate de sistemul complet s-au analizat rezultatele obtinute in urma testarii HPV pe un lot de paciente. Datele medicale privind screening mamografic importate au fost prelucrate statistic. S-au analizat aspectele legate de caracteristici ale pacientelor (varsta, statusul menstrual, istoricul familial de cancer de san, etc.) aspecte legate de leziuni (localizare, diagnostic principal, tip histologic, grad histologic, prezenta invaziei vasculare, prezenta bolii Paget, aspecte privind piesa patologica, pT, noduli limfatici, pN, prezenta receptorilor la estrogeni, progesteron, etc.), precum si aspecte legate de terapie.
- in scopul activitatii Diseminarea rezultatelor proiectului a fost realizat un program demonstrativ al aplicatiei Canscreen_web care poate fi accesat la adresa http://83.103.130.95/canscreen/index.aspx, folosind pentru nume utilizator Utilizator, iar pentru parola can_util. A fost realizat un site web in limbile romana si engleza, sub mediile de dezvoltare PHP, HTML, CSS, XML, folosind serverul de web APACHE. Site-ul cuprinde informatii referitoare la realizarile etapelor proiectului CanScreen in conformitate cu obiectivele stabilite, precum si la actiunile de diseminare ale proiectului intreprinse de membrii consortiului. Prin componenta sa interactiva site-ul ofera membrilor consortiului schimbul de documente electronice intre parteneri (upload si download de fisiere, creare si stergere de fisiere si directoare), si o sectiune in care acestia pot posta mesaje referitoare la activitatile de management si de diseminare, cele mai recente mesaje putand fi vizualizate din aproape toate paginile site-ului. Partenerii implicati in proiect au realizat in colaborare sau individual o serie de articole stiintifice sustinute si/sau publicate in cadrul unor conferinte internationale si reviste de prestigiu.

sus 10.10.2008

Cele mai recente articole

IEEE International Conference on Automation, Quality and Testing, Robotics AQTR 2008, THETA 16th edition: “Fail-safe” System for Diagnosis Quality Control in Cervical Cancer Screening - Autori: Teodora Sanislav, Mihaela Dragan, Dorina Capatina, Ioan Stoian
UICC World Cancer Congresses: CANSCREEN – FAIL-SAFE SYSTEM FOR DIAGNOSIS QUALITY CONTROL IN CANCER SCREENING - Autori: Luciana Neamtiu, Ioan Stoian, Teodora Sanislav, Dorina Capatina, Florian Nicula, Ofelia Suteu